В июле 2004 года Троекуровский монастырь был официально зарегистрирован органами юстиции. И все это время обитель продолжала благоустраиваться, принимая все более благолепный вид. Долголетними и непрестанными трудами попечителя обители Николая Дмитриевича Еремеева благоустраивается территория монастыря, восстанавливаются келейные и хозяйственные корпуса, реставрируются храмы обители. В настоящее время на территории монастыря четыре храма, но только в одном - храме Архангела Михаила проводятся богослужения. Остальные храмы находятся в стадии реставрации.
В 2006 году во Владимирском соборе на гробнице преподобного Илариона Троекуровского была установлена мраморная плита с его изображением. Монастырские богослужения ежедневно проходят в храме Архангела Михаила. Здесь же находится рака с мощами преподобного Иллариона Троекуровского. К этой главной святыне монастыря не прекращается паломничество людей. В этом же храме находится местночтимая Троекуровская икона Божией Матери «Владимирская». В дни ее почитания совершаются торжественные богослужения с крестными ходами.
Славной традицией обители становятся архиерейские службы в дни престольных праздников и в дни памяти затворника Илариона Троекуровского. В дни празднования памяти святого Божиего угодника – преподобного Илариона Троекуровского в обитель приезжают многие люди поклониться его святым мощам. Благодатная помощь и заступничество любимого и почитаемого святого здесь известна всем насельникам и паломникам из Липецкой и Елецкой епархии. И особенно она велика в дни его памяти.